كنيسة سان سيباستيان هي كنيسة
الروم الكاثوليك الصغرى في مانيلا، ومقر أبرشية سان سيباستيان. تم الانتهاء من تشييد كنيسة سان سيباستيان في عام 1891 لسماتها المعمارية. وهى احد الأمثلة على إحياء العمارة القوطية في الفلبين، هو المعبد الوحيد من الصلب
في الفلبين، وهي الكنيسة الفولاذية الجاهزة الوحيدة في العالم. في عام 2006، أدرجت كنيسة سان سيباستيان في القائمة المؤقتة لتعيينها كموقع للتراث العالمي. وقد عينت الحكومة الفلبينية علامة تاريخية وطنية في عام 1973. تقع في بلازا ديل كارمن، في الطرف الشرقي من شارع ريكتو، في كويابو، مانيلا.